Odsjek za kvalitet voda vrši i uzorkovanje i analiziranje uzoraka površinskih, podzemnih i otpadnih voda po zahtjevima korisnika.
Za otpadne vode način uzorkovanja, rad analiza i tumačenje rezultata primjenjuje se Pravilnik o kvalitetu i sanitarno-tehničkim uslovima za ispuštanje otpadnih voda, načinu i postupku ispitivanja kvaliteta otpadnih voda i sadržaju izvještaja o utvrđenom kvalitetu otpadnih voda (Sl.list CG, br. 56/19). (www.mpr.gov.me/ResourceManager)
