Seizmološka osmatranja i proučavanja seizmičke aktivnosti na teritoriji Crne Gore su počela 1960. godine, kada je osnovana Seizmološka stanica Titograd. U fazi osnivanja, Seizmološka stanica je bila opremljena sa dva seizmografa tipa Mainka, koji su pojedinačno registrovali horizontalna pomjeranja tla (pravca I-Z, odnosno S-J) na nagaravljenom papiru. U periodu od 1973-1976. godine, kroz regionalni projekat Ujedinjenih Nacija "Proučavanje seizmičnosti Balkanskog regiona", nabavljeni su trokomponentni kratkoperiodični i dugoperiodični seizmometri (SKM-3, SKD proizvedeni u SSSR-u) sa foto-optičkim registrovanjem seizmičkih signala.
Nakon razornog zemljotresa 15. aprila 1979. godine, odlukom Izvršnog vijeća SR Crne Gore, Seizmološka stanica Titograd se transformiše u Republički seizmološki zavod. Lokalna seizmološka mreža formirana je krajem 1982. godine kroz aktivnosti projekta Ujedinjenih Nacija (UNDP/UNESCO) "Smanjenje seizmičkog rizika na Balkanu". Instalirana je mreža od deset jednokomponentnih seizmometara raspoređenih na cijeloj teritoriji Crne Gore, uz analogni radio-telemetrijski prenos seizmičkih signala. Tokom 90-ih godina seizmički monitoring je unaprijeđen - osmišljen i projektovan u Zavodu, na način da su analogni seizmički signali digitalizovani i obrađivani na PC računaru (autor softwera Dr. Branislav Glavatović).
U periodu 2007-2011. godine počinje digitalizacija seizmološke mreže. Uz instalaciju prvih digitalnih seizmoških stanica (četiri nova širokopojasna senzora), počinje da se formira i mreža digitalnih akcelerometarskih (SM) stanica. Od tog vremena prenos svih signala je digitalni, dok se redukovani analogni prenos održava kao istorijski robustni sistem.
Krajem 2008. godine, Seizmološki zavod je proširio svoju djelatnost na geodinamički monitoring teritorije Crne Gore, instaliranjem dvije geodinamičke stanice.
Podaci o svim zemljotresima, kao i sami signali čuvaju se u digitalnoj bazi podataka.
2011. godine Seizmološki zavod dobio je status naučno-istraživačke ustanove na osnovu Rješenja Ministarstva nauke br. 01-372/2 ("Sl. list 14/2011") kojim se Zavodu dodijeljuje licenca za obavljanje naučno-istraživačke djelatnosti iz oblasti prirodno-matematičkih nauka.
Od 2012. godine seizmološku djelatnost obavlja Sektor seizmologije - kao organizaciona jedinica u sastavu Zavoda za hidrometeorologiju i seizmologiju (formiran 2012. godine prema "Uredbi o organizaciji i načinu rada državne uprave" od 29/12/2011, kojom su Hidrometeorološki zavod i Seizmološki zavod spojeni u jednu instituciju).
